Первое напоминание случилось в правление великого князя Иоанна III. И повелел передать князю Иоанну: «Себя ты утешаешь, а меня забыл, но не забыл меня Бог». Юноша передал эти слова князю Иоанну, и тот приказал с этого времени совершать соборные панихиды и божественные службы, раздавать милостыню и устраивать поминальные трапезы по отшедшим душам своих славных предков — князя Даниила и всех сродников-князей.
Второе явление святого князя Даниила было при сыне великого князя Иоанна III — великом князе Василии. Находившийся в проезжающей мимо церкви великокняжеской свите князь Шуйский пытался с одного из могильных камней сесть на коня. Ему явился некий человек и возвестил: «Не дерзай с этого камня садиться на коня своего. Знай, что тут лежит великий князь Даниил». — «Мало ли лежит здесь князей!» — пренебрежительно ответил Шуйский, и тут же конь под ним вздыбился, пал на землю и издох, а из-под него вытащили едва живого князя. Шуйский горько раскаялся в своей дерзости, повелел сразу же «молебен петь о своем прегрешении» и отслужить панихиду по князю Даниилу и молитвами святого князя тут же получил исцеление, после чего всю свою жизнь почитал князя Даниила как святого.
Третье напоминание благоверного князя Даниила о себе было при царе Иоанне Васильевиче Грозном, потомке святого князя «девятой степени», то есть в девятом поколении. Некий коломенский купец с сыном на ладье плыл по Москве-реке в Москву. Внезапно юноша-сын так сильно заболел, что почувствовал приближении смерти. В это время они проплывали мимо Даниловской церкви. Купец отнес своего умирающего сына на могилу князя Даниила, повелел служащему в храме священнику отслужить молебен, и сам с великой верою и многими слезами молился Богу, призывая на помощь святого князя Даниила, прося сохранить жизнь сыну своему. И даже положил умирающего на надгробный камень на могиле князя — и случилось чудо: сын его, как от сна пробудившись, ожил и полностью исцелился от своей болезни.